健保經費有限，為避免給付無限擴充，照顧病患除考慮診療是否有效，也應以合乎經濟效應者為優先。健保局參酌實證醫學，認定絕大多數的腫瘤必須經組織或細胞學才能確診，光憑單獨的正子掃描無法百分之百診斷是否為惡性，故在經濟效應考量下，建議健保給付的正子掃描不宜放寬用在沒有病理切片確診的癌症診斷用途。此外，健保局函示正子造影健保給付不宜列在第一線常規檢查工具，應定位為最後一道檢查的防線，建議於其他檢查 (電腦斷層、核磁共振造影、核子醫學檢查) 皆無法判定時，或不足以提供足夠資訊以供治療所需時才可以使用，健保給付正子造影必須能很明確說明其必要性，且應限於局部轉移之病人，或需進行根除性治療者才有意義。目前，依照981204B 中央健康保險局醫療服務審查委員會第8屆第3次委員會議，以及全民健康保險醫療費用支付標準修訂正子掃描之給付適應症包括:
健保有給付項目依『全民健康保險醫療費用支付標準』規定收費，未給付項目依本院自費醫療收費標準規定收費(參見常見醫療院所要求民眾自費之醫療項目)。
單獨PET檢查: 目前本院針對健保不給付的正子掃描運用在基隆，林口，以及桃園分院提供PET自費檢查服務，項目包括全身正子掃描，以及局部正子掃描兩種，費用依健保給付點數收費，分別為 36500 (全身包括腦部掃描), 以及 26500 元 (局部依臨床需求指定範圍掃描)。詳情請洽各院區核子醫學科諮詢門診或櫃檯。
搭配健診套組: 您可以參加有含PET檢查的健診套組，若您的健診套組中沒有PET選項，您也可以自費 加購36500 的 PET 檢查 (限桃園長庚檢診中心)。
醫學影像須利用輻射線的穿透特性，將身體深部的訊息傳遞到外部來顯像，所以核子醫學影像如同其他放射檢查一樣，對病患都有一定量的輻射暴露，該輻射暴露對一般檢查病患而言，多是好處 (了解疾病進程或是分期) 多於壞處 (可能增加癌症風險)，若您對檢查的輻射有疑慮，請詢問檢查的醫師取得進一步的訊息。
核醫檢查所使用的放射藥物由於藥物含量相當低，所以可能引發的不良反應 (副作用) 機率也非常低，根據 美國核醫學會的調查，每十萬個注射放射藥物的核醫檢查，平均回報有 2.3 個發生不良反應個案報告，這些不良反應的報告多是輕微的潮紅，或是噁心等症狀，這些不良反應資料的收集都是來自臨床試驗報告，由於缺乏安慰組或是對照組的資料，我們無法確定不良反應的發生是源自於放射藥物，病患本身體質，或是其他用藥交互作用導致。